La Commissione ha individuato e disciplinato tre principali tipi di aiuti di Stato: aiuti regionali, norme orizzontali e norme settoriali. La concessione di aiuti di Stato nel settore agricolo è soggetta anche ad altre specifiche disposizioni del Trattato CE. La disciplina sugli aiuti di Stato al settore agricolo obbedisce ai principi generali della politica della concorrenza, deve essere coerente con le politiche comunitarie nei settori agricolo e dello sviluppo rurale, nonché con gli obblighi assunti dalla Comunità a livello internazionale, in particolare con l'accordo OMC sull'agricoltura (istitutivo dell'Organizzazione mondiale del commercio).
Come principio generale "salvo deroghe" l'art. 87, par. 1, afferma l'incompatibilità degli aiuti di Stato con il mercato comune, si vogliono infatti scongiurare distorsioni della concorrenza a causa di potenziali discriminazioni tra le imprese beneficiarie di aiuti e quelle che ne rimangono escluse. Sono espressamente ammessi gli aiuti previsti dall'art. 87 par. 2. Inoltre possono essere considerati compatibili con il mercato comune, ma necessitano di un controllo preventivo della Commissione, gli aiuti di cui all'art. 87, par. 3, lettere a)- d). In particolare il settore agricolo beneficia per lo più delle deroghe di cui all'art. 87 par. 3 lettera c) "aiuti destinati ad agevolare lo sviluppo di talune regioni economiche". In linea con tale previsione anche nella nuova fase di programmazione 2007-2013 la Commissione ha incoraggiato gli Stati membri ad accordare priorità alle azioni volte a rafforzare la competitività dell'economia regionale. Infine altre categorie di aiuti possono essere determinate con decisione del Consiglio (art. 87, par. 3, lett.e).