L'organizzazione delle filiere è un tema cardine per lo sviluppo del settore agro-alimentare su cui da tempo l'Italia interviene sia con la PAC sia con strumenti di intervento nazionali. Il PSP ha riproposto questa tipologia di approccio prevedendo interventi specifici in entrambi i pilastri e utilizzando il PNRR e il Fondo complementare per rafforzare l'intervento per filiere competitive, trasparenti e capaci di redistribuire il valore aggiunto a favore di tutto il settore.
Il Piano è ricco di iniziative orientate a un intervento strutturato che coinvolga la filiera nella sua interezza. Un primo gruppo di interventi fa capo alle politiche di mercato del primo pilastro della PAC. Il Piano prevede interventi specifici in cinque settori: vitivinicolo, ortofrutticolo, olivicolo, apistico e pataticolo. Mentre per i settori vitivinicolo e ortofrutticolo la riforma non ha stravolto le modalità di sostegno rispetto al passato, per quello olivicolo-oleario la nuova PAC allinea il modello di sostegno a quello previsto per l'ortofrutta, dando maggiore rilevanza alle OP, il cui ruolo di concentrazione e commercializzazione dell'offerta diventa strategico per rafforzare la posizione degli olivicoltori nella catena del valore. Anche per il settore apistico sono previste importanti novità in ragione delle implicazioni che esso ha sull'intero ecosistema. Infine, a partire dal 2023, l'Italia ha adottato gli interventi settoriali anche per il settore pataticolo.
In generale, la logica degli interventi settoriali coniuga una strategia che intende rafforzare la competitività settoriale in chiave di sostenibilità ambientale, sociale ed economica.