A partire dal primo gennaio 2005, il diritto degli agricoltori a percepire i pagamenti diretti della PAC è subordinato al rispetto di una serie di impegni a carattere ambientale ed igienico-sanitario, comunemente denominati "condizionalità".
Dal primo gennaio 2007, la condizionalità è diventato un requisito minimo per l'accesso alle misure agro ambientali, introdotte nella programmazione dello sviluppo rurale 2007-2013.

La condizionalità, pertanto, rappresenta il minimo comune denominatore per l'intera politica agricola comune, oggi nettamente orientata al rispetto di precisi standard ambientali, in mancanza dei quali gli agricoltori vengono penalizzati attraverso una decurtazione dei pagamenti a cui avrebbero avuto diritto.

Fanno parte dei requisiti di condizionalità alcuni impegni particolarmente significativi per il mondo ambientale, riconducibili alle direttive della rete Natura 2000 quali, il rispetto delle misure di conservazione dei siti appartenenti alla Rete Natura 2000.

Questo significa che le aziende agricole che percepiscono aiuti diretti devono rispettare determinati impegni per la protezione della biodiversità riconducibili alle direttive Natura 2000, Direttiva habitat e direttiva uccelli.