In seguito alla modifica apportata dal Reg. (CE) n. 74/2009 (art. 16bis) e dalla Decisione 2009/61/CE relativa agli Orientamenti Strategici Comunitari, sono state identificate nuove sfide per orientare l'utilizzo delle risorse della modulazione obbligatoria, in parte rivolte a priorità già considerate nel PSN (cambiamenti climatici, energie rinnovabili, gestione risorse idriche, biodiversità) e che solo marginalmente introducono nuove priorità quali l'accompagnamento della ristrutturazione del settore lattiero-caseario, l'innovazione, e la banda larga (modifiche al Reg. CE n.1698/05 alla luce dello European Recovery Plan).

In conseguenza di tali cambiamenti, nonché dell'ulteriore modifica introdotta dal Reg. 363/2009 (art. 3 bis) e dell'approvazione del contributo di 5 miliardi di euro a favore del Piano di recupero economico europeo (Summit europeo del 20 marzo), che prevede di destinare 1.02 miliardi alla banda larga nelle zone rurali e alle "nuove sfide" fissate dall'Health Check si rende necessario sia rivedere la struttura del PSN, adattandola alla maggiore enfasi posta su tali priorità, che modificare ulteriormente il Reg. (CE) 1698/05 e il Reg. (CE) 1974/06.