L'integrazione finanziaria, di obiettivi e di azioni tra la politica di sviluppo rurale e gli altri strumenti di politica economica rappresenta uno degli elementi strategici dell'attuale sistema di programmazione. Il sistema agro-alimentare, al pari dello sviluppo delle aree rurali necessita, infatti, di un insieme coerente di interventi, attraverso gli strumenti messi a disposizione della politica di sviluppo rurale, opportunamente integrati con gli altri strumenti pubblici di intervento.
Nell'ambito del Piano strategico nazionale viene, pertanto, individuata la complementarietà, l'integrazione e, ove necessario, la demarcazione con gli interventi previsti dal resto della politica agricola nazionale, dal primo pilastro della PAC (condizionalità e interventi strutturali previsti nelle diverse OCM), e dalla politica di coesione, con riferimento alla quale - in stretta collaborazione con il Ministero dello Sviluppo Economico - è stata individuata una serie puntuale di ambiti tematici (logistica, innovazione e ricerca, servizi alla popolazione, diversificazione, tutela e valorizzazione delle risorse ambientali) in cui ricercare integrazione.