La ratifica da parte del Presidente ceco Vaclav Klaus permetterà l'entrata in vigore del Trattato di Lisbona a partire dal prossimo 1° dicembre, a quasi 9 anni dal Vertice di Nizza (dicembre 2000), in occasione del quale si discusse la possibilità di redigere un nuovo trattato.
In materia di politica agricola, vi sarà un significativo cambiamento nella procedura legislativa poichè, in futuro, la procedura legislativa ordinaria in materia di PAC sarà la codecisione e non la consultazione, come avviene attualmente.
Le attuali norme prevedono che il Consiglio debba attendere che il Parlamento europeo adotti il proprio parere prima di portare a termine la nuova legislazione. Con Lisbona, il Parlamento europeo diverrà "un'istituzione a pieno titolo" con un ruolo forte nel processo decisionale. Pertanto il Consiglio sarà tenuto a prendere in considerazione gli emendamenti del Parlamento europeo e negoziare le proprie posizioni con i deputati in prima e seconda lettura, con la possibilità di attivare un comitato di conciliazione (una terza lettura), prendendo in considerazione anche la possibilità di non portare a termine l'iter legislativo, qualora non si trovi un accordo tra Consiglio e Parlamento.
 
Il testo del trattato ha tuttavia delle parti che si prestano ad ambiguità. L'Articolo 37 esclude espressamente che misure in materia di fissazione dei prezzi, di prelievi, di aiuti e di limitazioni quantitative e la fissazione e ripartizione delle possibilità di pesca siano decise secondo la procedura legislativa ordinaria (la procedura di codecisione), ma gli esperti legali della DG AGRI confermano che tutti i quattro basilari regolamenti della PAC saranno oggetto di codecisione (l'OCM unico, i pagamenti diretti, lo sviluppo rurale e il finanziamento della PAC).
In termini pratici, questo significa che ogni nuova normativa che verrà quindi sottoposta alla procedura di codecisione, necessiterà di un lasso di tempo di 18-36 mesi per essere approvata, a fronte dei circa 12 mesi attuali. Le nuove regole prevedono inoltre che il Comitato economico e sociale dell'Unione Europea sia consultato su tutte le proposte legislative che prevedono la procedura di codecisione. Se è improbabile che ciò pregiudichi l'esito finale, questo procedimento potrebbe essere comunque un modo per rallentare determinate fasi del processo legislativo. Un ulteriore ritardo nel nuovo processo decisionale deriva dalla previsione di consultazione dei parlamenti nazionali, i quali avranno otto settimane di tempo per verificare il rispetto del principio di sussidiarietà. 
 
Un altro cambiamento potenzialmente significativo si riferisce alle competenze di esecuzione. Nel testo del trattato vi è una distinzione tra le nuove disposizioni "delegate" (per le quali non vi è indicata nessuna procedura di gestione attualmente) e le disposizioni di "attuazione" (che probabilmente potranno essere gestite attraverso un comitato di gestione). Non è ancora chiaro cosa potrebbe signifacare tutto ciò in pratica, anche se potrebbe implicare una modifica delle norme di comitatologia, che dovranno essere riviste e chiarite. 
 
Per quanto riguarda le proposte formulate dalla DG AGRI e tuttora pendenti, esse verranno discusse caso per caso. Ad esempio, per quanto riguarda gli aiuti alimentari agli indigenti, pare che la Commissione chiederà al Parlamento di riconsiderare il parere espresso a marzo in prima lettura, al fine di raggiungere un accordo sempre in prima lettura. In mancanza di un parere del Parlamento europeo, la Commissione si limiterà a modificare le proposte.
(Fonte Euroconsulting)