L'applicazione della condizionalità ha un ruolo fondamentale anche nella politica per lo sviluppo rurale; diversi gli interventi per la tutela dell'ambiente e del territorio messi in campo attraverso i Programmi di sviluppo rurale 2007-2013, che prevedono incentivi per gli agricoltori che assumono volontariamente impegni di natura ambientale che vanno al di là delle norme obbligato riedi condizionalità fissate dalla normativa comunitaria (CGO e BCAA). Per ciascun PSR ci sono quindi dei criteri di condizionalità che incidono sull'attuazione di più misure di sviluppo rurale e che sono identici a quelli del regolamento (CE) n. 1782/03.
Le misure di sviluppo rurale che partono dal rispetto della condizionalità come condizione base di accesso (la cosiddetta baseline) e che prevedono degli impegni aggiuntivi e volontari, riguardano l'asse 2 dei nuovi PSR 2007-2013 - Miglioramento dell'ambiente - e precisamente: