Il funzionamento della Rete è garantito dall'Unità nazionale di animazione e coordinamento (UNAC) che, nell'architettura, riflette il modello delle strutture della Rete rurale europea.
L'UNAC è, inoltre, affiancata, per lo svolgimento della sua attività, da sei Unità Operative (UO).
Sono inoltre attive cinque Task force (TF) e dieci Gruppi di lavoro (GL).
La gestione delle attività di rete è affidata a tre specifiche strutture:
Unità di gestione e coordinamento (UGC);
Postazioni regionali della Rete (PRR);
Cabina di Regia
L'UGC, istituita nell'ambito del Mipaaf, con funzioni di coordinamento delle azioni legate alla realizzazione del Programma, opera in stretta sinergia con la Rete Rurale Europea, le reti nazionali degli altri Stati membri e gli altri partner internazionali.